《女巫的孩子》講述了一個發生在很久很久以前的故事，當時世界上僅存的最后一點魔法用一座幽深黑暗的森林將某個王國分成了兩半。一邊是女巫的孩子奈德和他的雙胞胎兄弟塔姆，他們乘坐自制的木筏朝著大海劃去，但不幸的是，湍急的河流吞噬了塔姆的生命。奈德雖然得救了，卻成了“救錯了的男孩”，在村民們的冷嘲熱諷和父母濃得化不開的悲傷中艱難地成長。另一邊是強盜的女兒安妮，她孤獨而堅強地照看著生病的媽媽，但最終媽媽還是離開了。安妮的媽媽臨終前為安妮留下了預言：“救錯了的男孩會救你的命，你也能拯救他。還有狼——” 在神秘的森林里，一頭失去母親的小狼孤零零地游蕩著，等待著……當奈德、安妮和小狼聚在一起，他們能互相信任，克服魔法的阻隔，化解橫亙在森林兩邊的人們之間的矛盾嗎？