天性孤僻的女孩瑪麗，在印度經歷了一次霍亂之后，父母雙亡。她隨著親戚漂洋過海，被送到位于英國的姑父家里居住。一次偶然的機會，瑪麗闖入了荒蕪已久的花園，逐漸發現了花園里的秘密。在這里，瑪麗遇見了開朗的女仆馬爾塔，可愛快活的知更鳥、老園丁貝恩、農家小伙子迪肯，又與常年被關在陰暗房間里的少爺柯林成為了朋友。瑪麗找到了開啟花園的鑰匙，也找到了通向幸福的鑰匙。當秘密花園再次被打開，瑪麗的心門也隨之打開，與朋友們快樂地做游戲、健康地成長起來。