作品主人公是一個名叫于小島的七歲男孩。于小島和爺爺奶奶住在膠州灣半島上一個美麗的海濱城市琴島。于小島對自己就讀的大洋路小學的地下室和地下通道產生了濃厚的興趣。于是，他和小伙伴丹娃一起開始探險。他們在地下通道里發現了一座神奇的“水晶宮殿”，還遇見了于小島失蹤了三十年的叔叔海波。海波叔叔告訴他們，“水晶宮殿”實際上是一座海洋環保觀測站，由一位老人修建。因為特殊的原因，這位老人在暗道里生活了幾十年。海波叔叔很欽佩這位老人，于是接替老人，繼續完成其未能完成的深海環保事業……