主人公瑪莉雖然與父母生活在一起，但并未享受過來自父母的親情；土著仆人對她的百依百順，使她變得任性又乖戾。一場霍亂使她一夜之間成了孤兒，她被送回英國的親戚家撫養。在親戚家，她無意中發現了一個被廢棄了的秘密花園，她與小伙伴迪肯、科林一起，在花園里種植各種花草，與動物們成了好朋友。他們在成長中各自改掉了自己的壞毛病，他們把這一切都歸功于大自然的魔法。