危機大挑戰龍卷。小學生元春和紗織偶然與年輕的氣象學家陣內相識，并利用陣內的高科技設備認識了龍卷風。在一次探索龍卷風的旅程中，三人竟然遇上了真的龍卷風!這次的經歷也勾起了陣內對一段悲傷往事的回憶。但不久后，世界上最大級別的F5級龍卷風襲來。陣內一行人為了救助被困的幼兒園校車，不顧危險開車沖向超級龍卷風!這一次，他們有辦法化解這迫在眉睫的危機嗎?