小健是一個敏感膽小的孩子，因為身患哮喘，從小遠離人群。在醫生的建議下，小健和媽媽來到了一座海濱小城過暑假。在這里，小健和一位自稱“褲子船長”的老人成為忘年交，并且一起修建他的“褲子號”船。曾經駕船滿世界航行的船長，有著一肚子奇妙的歷險故事：被世界遺忘的渡渡鳥、流浪到南冰洋的口琴島、給妖怪治病的蘇格拉底醫生等等。這些故事深深吸引了小健，和船長相處的日子里，小健逐漸開朗起來，連身體都變得健康壯碩了許多。 可是，暑假很快就要結束了，返回東京的日子越來越近，小健一直藏在心里的想法卻越來越強烈……