安妮的最后一篇日記寫于一九四四年八月一日。一九四四年八月三日，密室中的八人被捕。兩個在大樓里工作的秘書彌普和貝普·吉斯，發現了散落一地的安妮的日記。彌普·吉斯將日記一頁頁拾起來，藏在一個抽屜之中。戰后，安妮的死訊被確認，彌普`吉斯把這些還未閱讀的日記交給了安妮的父親：奧托·弗蘭克。
經過再三考慮，奧托·弗蘭克決定完成女兒的心愿，出版她的日記。他從A、B兩個版本中選取材料，重新編輯成較短的版本(C版)。全世界讀者熟悉的《安妮日記》就是這個版本。
奧托·弗蘭克選材時遵守了如下幾點。首先，篇幅簡短，以符合荷蘭出版者的一系列要求。作為對死者的尊敬，奧托·弗蘭克也刪掉了日記中對他亡妻和密室中其他人不敬的段落。安妮十三歲時開始寫日記，最后結束是十五歲。日記中她對自己的好惡直言不諱。
一九八O年奧托·弗蘭克去世時留下遺言，將女兒日記的手稿贈予位于阿姆斯特丹的荷蘭戰爭文獻資料所。因為日記出版后，有人質疑其真實性，于是荷蘭戰爭文獻資料所下令徹底調查。一旦證實屬實，將日記的全部內容連同詳細的調查報告一并出版。《安妮日記(評注版)》不但包括A、B、C一個版本，還包括弗蘭克家族的背景資料，他們被捕與押解的情況，對安妮筆跡的研究以及研究時使用的資料文件。
奧托·弗蘭克的所有遺產由位于巴塞爾(瑞士)的“安妮·弗蘭克基金會”繼承，該基金會還擁有他女兒的版權。后來該基金會決定為廣大讀者出版一種全新的增補版本。新版本包括了奧托·弗蘭克修訂的舊版的所有內容。作家兼翻譯家的米杰·帕斯勒擔任新版本的編輯修訂工作，對奧托·弗蘭克的原版進行補充，同時選取A、B兩版的內容。米杰·帕斯勒的最終版本經安妮·弗蘭克基金會的同意，增加了大約30％的內容，使讀者更加了解安妮的內心世界。
在安妮寫第二版(B版)時，她為日記中的人物冠以假名。最初她想自稱安妮·奧利斯，后來又改成安妮·魯賓。奧托·弗蘭克決定將家人的名字改為真名，其他人則沿用安妮起的假名，以滿足她的愿望。這么多年來，人們早已熟知幫助密室成員的幾個人的真實姓名。之所以在這個版本中使用他們的真名，是因為他們給予了無私的幫助，這是他們應該獲得的。對于不愿暴露身份的人，則使用荷蘭戰爭文獻資料所為他們起的姓名首字母縮寫。