終極一戰后，真中劍悟孤身進入永恒核心內部，以穩定永恒核心。然而，地球只迎來了短短兩年的平靜，怪獸再度頻繁出沒，世界各地的超古代文明遺跡也接連遭到入侵。這時，一個自稱超古代文明后裔的人預言，劍悟將被永恒核心同化，然后永遠消失。于是，精英勝利隊在新隊長時岡龍一的帶領下，開始了營救行動。然而，誰也想不到，這竟然是一個陰謀。邪惡特利迦出現了，精英勝利隊、特利迦奧特曼、澤塔奧特曼聯手展開反擊。