小尼爾斯調皮搗蛋，不愛學習，還總欺負家里的小動物，爸爸媽媽讓他看書，他總想偷懶。一天，他終于因為欺負小靈精，受到了教訓，被小精靈變得小小的，還沒有大拇指高。他為了拉住大白鵝莫頓，被帶上了天空，融入一群野雁中。野雁群的領頭雁阿卡一百多歲了，她的警惕性可高呢，才不愿讓尼爾斯待在野雁群里。她決定第二天早上就把尼爾斯攆走，可是當天晚上狐貍偷襲了野雁群。尼爾斯憑借自己的勇敢和智慧救回了一只野雁，這讓阿卡對尼爾斯產生了好感，留下了他。于是，小尼爾斯騎著大白鵝莫頓和雁群一起飛越山川海洋，探秘奇幻森林，暢游神秘古堡，開始了驚險、有趣的神奇歷程……