《魔棋大戰（謎題版）/校園三劍客》講述了在一次舉世矚目的人機大戰中，象棋棋王柳云龍被機器人“獨孤求敗”打敗。后來，棋王心灰意冷，來到綠市中學，成了“校園三劍客”的老師。與此同時，世界上發生了許多不可思議的事情，各地的網絡被黑客惡意攻擊，造成多起火車相撞事件。
　　“校園三劍客”著手調查，發現所有證據都指向制造“獨孤求敗”的哈迪遜博士。然而，當他們找到哈迪遜博士時，卻發現博士已經遇害?！靶@三劍客”的調查陷入了重重阻礙，先是被人追殺，然后遭人誣陷，接著被抓進警局……
　　最后，一系列事件的幕后推手漸漸浮出水面，它竟然就是機器人“獨孤求敗”！它為什么要殺害哈迪遜博士？為什么處處與“校園三劍客”作對？它到處尋找棋王柳云龍，又有什么不可告人的秘密？