汽車人和人類軍方正在策劃一場防止霸天虎復仇的秘密戰爭。隨著越來越多的變形金剛重新浮出水面，人們發現這些機器人在地球上的歷史遠比他們想象得要悠久，有些人甚至猜測是汽車人招來了霸天虎，提出要趕走汽車人。擎天柱不希望讓地球處于無人保護的狀態下任由霸天虎肆虐，于是他請求山姆當汽車人的代言人，去說服人類讓汽車人留下來 可山姆拒絕了，他要上大學，想和別的人一樣過正常的生活。不過他未能如愿，因為他身上的火種源碎片通過原始的能量影響著他，使他產生了種種奇怪的想法和幻覺：而山姆拒絕當代言人，也給他自己、汽車人以及全世界都帶來了嚴重的后果——霸天虎的領袖威震天復活了，隨之而來的還有變形金剛歷史上遠古的惡魔……

魔方創造了最早的13個變形金剛，他們就是“The Primes”（領導者），為了獲取更多的能量，這群變形金剛發明了“領導模塊”，它可以用來驅動一種從太陽吸取能量的裝置（就是生產能量塊Energon的裝置）。“The Primes”們在茫茫宇宙中到處尋找可以為他們提供能量的太陽，但他們也共同發誓：如果那顆太陽周圍有生命的存在，他們就不會對那顆太陽下手。
“The Primes”們來到地球，見到了早期的人類，他們被人當作了神靈。墮落金剛想要把領導模塊據為己有，于是他選擇背叛誓言。另外12個變形金剛為了不讓他得逞把領導模塊藏在了一個墓中。墮落金剛殺死同胞后沒有停止尋找，只有“The Primes”最后幸存的后代“擎天柱”可以阻止他。