花森小學的六年級學生前往校外旅行目的地--京都。這座古老的城市有“魔都”之稱,傳說是因為發生過許多神秘事件??茖W偵探謎野真實和同班同學宮下健太,還有以“挖掘新聞,揭發真相”為使命的新聞社社長青井美希,他們三人能否運用科學原理,找出隱藏在謎團背后的秘密?